重离子治疗癌症与放疗由于射线剂量分布不均对人体周围健康组织（如脑，脑干，脊髓，气管，肾，膀胱，直肠等)造成不同程度的损害而引起严重的近期和远期并发症和后遗症（如掉发，恶心，免疫系统的衰竭）不同。由于重离子束几乎不伤害正常细胞，所以重离子治疗癌症几乎没有副作用。