重离子治疗癌症与放疗由于射线剂量分布不均对人体周围健康组织(如脑,脑干,脊髓,气管,肾,膀胱,直肠等)造成不同程度的损害而引起严重的近期和远期并发症和后遗症(如掉发,恶心,免疫系统的衰竭)不同。由于重离子束几乎不伤害正常细胞,所以重离子治疗癌症几乎没有副作用。